После печально известного нападения Девятихвостого на Коноху, гибели Четвертого Хокаге и многих жителей деревни, руководство во главе с Третьим всерьез задумалось о судьбе клана Учиха. Человек, управлявший Лисом, определенно был Учиха, и хотя в самом клане виновного не нашли, это серьезно испортило Учихам репутацию. Деревня окончательно перестала им доверять, хотя и раньше недолюбливала, считая проклятым кланом и памятуя о репутации их основателя, Учихи Мадары. Старейшины, считая, что клан слишком опасен, выступали за его полное истребление. Хирузен, не желавший действовать столь жестко, выдерживал паузу. Эта самая пауза привела к тому, что Учиха, узнав об угрозе, взбунтовались. Их оскорбило недоверие, павшее на клан из-за одного предателя. А та легкость, с какой старейшины вынесли клану смертный приговор, окончательно все решила. Учиха устроили переворот, весь клан поднялся на борьбу с текущей властью. Посреди ночи они атаковали резиденцию Хокаге и особняки старейшин. Хирузен погиб, были убиты старейшины Хомура и Кохару. Шимура Данзо обнаружен не был. После свержения прежнего режима место Хирузена занял Фугаку Учиха. Когда события несколько успокоились, Данзо лично явился к Фугаку и заявил, что не поддерживал решение старейшин, а потому не участвовал в защите прежней власти. Он изъявил желание остаться на своем посту и работать для дальнейшего блага деревни, помогая новому Хокаге. Фугаку, посчитавший, что опытный политик в лице Данзо, преданный деревне, будет полезен, согласился.
Политика новоиспеченного Хокаге была направлена на то, чтобы восстановить доброе имя клана, полиция Конохи добросовестно относилась к своей службе, защищая граждан. Фугаку искренне желал деревне процветания, и жители приняли его как Хокаге. Данзо обнародовал документ о смертном приговоре для клана Учиха, и на Совете Кланов грехи предыдущего режима были преданы огласке. Кланы поддержали Учиха в их желании выжить, недовольными остались лишь Хьюга, по-прежнему считая "проклятый клан" предателями. Однако на голосовании Хьюга остались в меньшинстве. Репутация клана Учиха была очищена, а дайме страны Огня официально назначил Фугаку Хокаге.
Жизнь в деревне вернулась в прежнее русло. Ниндзя выполняли миссии, молодое поколение обучалось в Академии. Наступало время проведения в Конохе экзамена на чунина. Многие молодые шиноби достойно показали себя на экзамене, однако на финальном этапе Песок вероломно напал на Лист. С потерями нападение было отбито, а Четвертый Казекаге погиб в бою с Хокаге. Главное оружие Песка - Гаара, джинчурики Однохвостого, был нейтрализован самым непредсказуемым ниндзя деревни, Узумаки Наруто.
Песок капитулировал, был подписан договор о ненападении, впоследствии превратившийся в соглашение об альянсе. Спустя год было принято решение вновь провести экзамен на чунина, на сей раз на территории Суны. Экзамен совпадал с инаугурацией Пятого Казекаге, которым стал Сабаку но Гаара.
Два года спустя в деревню Листа вернулся саннин Джирайя, все это время обучавший Узумаки Наруто. Повзрослевший джинчурики был рад вернуться в родную деревню и вновь встретиться с друзьями.

Скрытый Песок, желая возвысить свой статус, мечтал о победе над Конохой. Четвертый Казекаге много лет лелеял эту идею, пока наконец не получил все условия для ее выполнения. Основным оружием деревни должен был стать его сын Гаара, в которого запечатали Шукаку. Казекаге сделал все для того, чтобы джинчурики был идеальным оружием: хоть он и плохо поддавался контролю, его разрушительная сила была невероятна. Для закрепления результата Казекаге отдал приказ опекуну Гаары Яшамару, брату его покойной жены, убить юного джинчурики. Гаара, поняв, что его никто не любил, а после слов Яшамару, продиктованных Казекаге, окончательно убедившись в этом, превратился в бездушное чудовище. Это самое чудовище Казекаге планировал выпустить на Коноху во время экзамена на чунина. План сорвался: Гаара окончательно вышел из-под контроля и покинул пределы деревни по известным лишь ему мотивам, а ниндзя Суны потерпели поражение в столкновении с Конохой. Четвертый Казекаге, ввязавшийся в бой с Хокаге, нашел там свою смерть, будучи побежденным пришедшим на помощь Хокаге Итачи Учиха, активировавшим Мангеке Шаринган. Иллюзия Цукуеми разрушила разум Казекаге, а черное пламя Аматерасу сожгло его тело. Оказавшись в безвыходном положении, Песок капитулировал, подписав договор о ненападении. Гаара, после того, как проиграл Наруто, понял, что убийство не является смыслом жизни, а есть люди, которые тебя поддерживают, и их нужно защищать. С этой философией Гаара начал новую жизнь, деревня сама выдвинула его на пост Казекаге. Несмотря на протесты, Гаара устроил новый экзамен на чунина в Суне, попутно став новым Казекаге. Большинство народа одобрило его кандидатуру - несмотря на то, что в прошлом Гаара убивал невинных людей, он исправился и всячески пытался принести деревне пользу. Население полюбило нового Казекаге, который стремился защитить каждого жителя Суны. Теперь даже бывшие ненавистники джинчурики с гордостью отзывались о своем Казекаге, зная, что в случае беды он всегда встанет на их защиту.

За время правления Четвертого Мизукаге Ягуры произошло множество ужасных событий, благодаря которым деревню стали называть "Кровавым Туманом": жестокие выпускные экзамены, которые сдавал тот, кто убьет всех конкурентов; охота на обладателей улучшенных геномов и попытка их геноцида; агрессивная внешняя политика и отнюдь не мирные намерения. Противники режима организовали сопротивление и совершили революцию, в ходе которой Ягура был убит. Пост Мизукаге заняла носительница генома лавы, Теруми Мей. Новая власть полагала, что жизнь в деревне изменится, однако ее действия привели к гражданской войне. Люди, поддерживавшие режим Ягуры, не желали видеть на посту Мизукаге "мутанта и ошибку природы". Туман разбился на два лагеря: приверженцы новой законной власти и сепаратисты, поддерживающие старый режим. Повстанцы активно вербовали людей в свои ряды, по всей стране Воды велась партизанская деятельность. Возглавил же мятежников один Семи Мечников Тумана, Хошигаки Кисаме. Единственная надежда Мей - возможные союзники, которые помогут прекратить бессмысленную войну.

Ивагакуре всегда была довольно закрытой деревней, и на попытки сближения с остальными селениями взирала с неудовлетворением. Оноки, Третий Цучикаге, всегда был консерватором, жестко отстаивая многолетние традиции и принципы деревни. Тем не менее, несмотря на нежелание взаимодействовать с другими Скрытыми Деревнями, Ива никогда не упускала возможности узнать о них больше как о потенциальном противнике, чтобы быть готовыми в случае войны. Оноки считал, что экзамен на чунина в Конохе - всего лишь сбор информации о силе других деревень, поэтому из принципа отправил на экзамен несколько команд самых посредственных генинов. События в Суне весьма порадовали старика - он решил, что Песок находится в том состоянии, когда его можно вычеркнуть из числа опасных противников. Впоследствии, получив извещение о новом экзамене, который будет проводиться в Суне, от нового Казекаге, Оноки с презрением заявил, что "этот юнец даже не знает, что делает, песком он может и умеет управлять, но совершенно не представляет, как управлять деревней", и выбросил послание в мусор, отказавшись отправлять генинов. Как и прежде, закрытая политика Камня ничуть не вызывает доверие у соседей, а консерватизм Оноки дает понять, что деревню нескоро ожидают перемены.

Кумогакуре всегда была знаменита своим особым отношением к джинчурики - жители Облака их не ненавидели, напротив, оказывали всевозможный почет и уважение. Деревня могла похвастаться наличием сразу двух джинчурики - Нии Югито, носительница Двуххвостой Некоматы, и родной брат Четвертого Райкаге Эя, Киллер Би, носитель Восьмихвостого. Трудный и свободолюбивый характер Би не раз вызывал головную боль у Райкаге, а когда Би сбегал из деревни, Эй приходил в ярость. Но его всегда возвращали, и серьезных проблем не возникало. Воинственный Райкаге всегда настороженно относился к остальным деревням, считая, что стоит лишь дать слабину - и тебя тут же атакуют. Поэтому все ресурсы Райкаге направил на усиление своей деревни, достойное воспитание молодых шиноби и морально был готов в любой момент дать отпор любому противнику.